Od prawej nawy bocznej odchodzi korytarz udekorowany freskami Paula Brila przedstawiającymi świętych oraz pejzaże, w głębi znajduje się posąg świętego Sebastiana z I połowy XVI wieku, autorstwo którego przypisywane jest Lorenzetto. Po lewej stronie znajduje się ołtarz z obrazem Św. Walerian i św. Cecylia autorstwa Guido Reni.

W prawej nawie znajduje się również wejście do Kaplicy Łaziennej (caldarium), w której według legendy próbowano uśmiercić św. Cecylię. Kaplica ta udekorowana jest freskami, których autorstwo przypisuje się Andrei Lilli. W ołtarzu znajduje się obraz Guido Reni Ścięcie św. Cecylii (1603).

Ze środkowej części prawej nawy można dostać się do XV-wiecznej Kaplicy Ponzani ze sklepieniem krzyżowym ozdobionym freskiem Bóg Ojciec pomiędzy Ewangelistami autorstwa Antonio del Massaro, który również ok. 1470 roku wykonał freski pokrywające ściany tej kaplicy.

Przednia część prawej nawy łączy się z kaplicą relikwii udekorowaną przez Luigi Vanvitelli, w której przechowywano relikwie św. Cecylii.

W lewej nawie znajduje się przejście do XII-wiecznego krużganka zakonnego.