Do 1989 roku nie podejmowano większych działań w celu ochrony środowiska. Przedsiębiorstwo należało do największych trucicieli na Kujawach. Wokół zakładu powstały składowiska odpadów zwane „białymi morzami”. Wskutek nieszczelności obwałowań, błota solne zalały około 120 ha pól uprawnych, a zasolone ścieki przedostały się do wód podskórnych. Spowodowało to powstanie w sąsiedztwie połaci pustynnej, zasolonej ziemi. Na początku lat 90. XX w. fabrykę wpisano na listę 80 zakładów najbardziej uciążliwych dla środowiska w Polsce.
1 sierpnia 1992 nastąpiła komercjalizacja przedsiębiorstwa i przekształcenie w spółkę akcyjną Skarbu Państwa. W 1994 roku uruchomiono nową instalację do produkcji sody kalcynowanej ciężkiej metodą monohydratową, a w 1996 – nowy oddział konfekcjonowania soli. W 2007 roku poziom rocznej produkcji sody przekroczył 600 tys. ton.
28 sierpnia 1996 roku większościowy pakiet akcji Janikowskich Zakładów Sodowych „Janikosoda” S.A. oraz Inowrocławskich Zakładów Chemicznych „Soda-Mątwy” S.A. nabył od Skarbu Państwa Ciech S.A., który stworzył holding firm sodowych. W 2000 roku w Janikowie podwojono zdolności produkcyjne instalacji sody ciężkiej oraz uruchomiono instalację do produkcji surowego dwutlenku węgla.