Po odzyskaniu wolności podejmował się różnych zawodów – był kierowcą, dyspozytorem, organistą i nauczycielem języków obcych. Kontynuował działalność opozycyjną, utrzymywał kontakty między innymi z rosyjskimi dysydentkami Natalją Gorbaniewską, i . Publicznie występował w obronie innych dysydentów, podpisał też między innymi Apel Bałtycki, protest przeciwko interwencji w Afganistanie i pismo w obronie Andrieja Sacharowa.

Aresztowany kolejno w październiku 1976, w marcu 1980 i 29 kwietnia 1980. Skazany na 10 lat pozbawienia wolności i 5 lat zesłania (art. 68, ust. 2 kk ESRR), nie przyznał się do winy i nie brał udziału w procesie. Osadzony w obozie permskim, w latach 1983–1985 przeniesiony do więzienia czystopolskiego. Prowadził głodówki i inne akcje protestacyjne.

Niklus opuścił więzienie przed terminem, 8 lipca 1988, w wyniku trwającej w Estonii od czerwca masowej akcji protestacyjnej domagającej się uwolnienia więźniów politycznych. Zrehabilitowano go w 1990.

Działał na rzecz odzyskania niepodległości przez Estonię. W latach 1990–1992 zasiadał w i , a także w Zgromadzeniu Państwowym w latach 1992–1995.

Był członkiem wielu estońskich i międzynarodowych organizacji o profilach politycznych i przyrodniczych.