Niektóre bakterie mają genomy liniowe zamiast kolistych jak Borrelia burgdorferi czy Agrobacterium tumefaciens. Niektóre mają genomy wieloczęściowe – genom podzielony jest na dwie lub więcej cząsteczek DNA. Często pojawia się wówczas problem odróżnienia tych części od plazmidu. Przykładowo Vibrio cholerae ma dwie koliste cząsteczki DNA. Wydawałoby się, że one razem stanowią genom. Jednak szczegółowa analiza wykazała, że to na większej cząsteczce znajduje się większość genów niezbędnych do życia komórki i utrzymywania patogenności. Mniejsza cząsteczka także zawiera wiele niezbędnych genów, ale ma również cechy charakterystyczne dla plazmidów, stąd można można ją określić megaplazmidem.
Sekwencjonowanie genomów nasiliło trudności w stosowaniu pojęcia gatunek wobec organizmów prokariotycznych. Pokazało ono bowiem, że różne szczepy tego samego gatunku mogą wykazywać spore różnice w sekwencji genomowej i zawierać zestawy genów swoiste dla danego szczepu. Przykładowo szczep laboratoryjny bakterii E. coli K12 ma genom o wielkości 4,64 Mpz, a patogenny szczep O157:H7 – 5,53 Mpz. Mają one odpowiednio 12% i 26% genów swoistych dla swojego szczepu. Tak ogromna zmienność absolutnie nie mieściłaby się w pojęciu gatunek stosowanym wobec organizmów wyższych.