W tym czasie razem podróżowali po Rosji i Szwecji.
W 1787 roku został prorektorem, a w 1789 roku rektorem generalnego seminarium w Ołomuńcu. Po śmierci cesarza Józefa II Habsburga (1790) seminarium zamknięto. Dobrovský wrócił do Pragi, gdzie dalej pracował jako naukowiec. W czasie tego pobytu powstało większość jego filologicznych i historiograficznych prac o tematyce slawistycznej.
W latach 80. XVIII wieku aktywnie uczestniczył w życiu naukowym Pragi. Działał w Prywatnym Towarzystwie Naukowym. W 1784 roku pomagał założyć Królewskie Czeskie Towarzystwo Naukowe, a w 1818 roku Czeskie Muzeum Narodowe.
Wywarł duży wpływ na generację młodych naukowców. Jego uczniami byli m.in. František Palacký i Václav Hanka.
Twórczość Fragmentum Pragense evangelli S. Marci, vulgo autographi (1778) – udowodnił, że fragment Ewangelii praskiej (złożony w Katedrze w Pradze) nie został napisany przez Marka Ewangelistę, ale był to wyjątek z Ewangeliarza z Cividale (z IX stulecia), Co je třeba opraviti v Ungarově vydání Učených Čech, O stáří českého překladu biblického, O zavedení knihtiskařského umění v Čechách, Kritické pokusy jak očistit starší české dějiny o pozdějších výmyslů (1802–1823), Ausführliches Lehrgebäude der böhmischen Sprache (1809) – opracował zasady gramatyczne języka czeskiego, Deutsch-böhmisches Wörterbuch (1.