Z tym samym dniem, rozkazem Naczelnego Dowództwa Wojsk PolskichRozkaz Nr 841 z 19 lutego 1919 r., otrzymał przydział służbowy do 14 pułku piechoty w Jarosławiu. W dniu 1 grudnia 1919 r. Stanisław Trojan mianowany został na stopień porucznika. Brał udział w wojnie polsko-ukraińskiej i polsko-bolszewickiej. W październiku 1920 r. odnotowany został na stanowisku dowódcy 3 kompanii 14 pp. Za wykazane podczas walk męstwo odznaczony został Krzyżem Walecznych. Na dzień 1 czerwca 1921 roku, pozostając nadal w randze porucznika, pełnił wciąż służbę w 14 pułku piechoty.
Dekretem Naczelnika Państwa i Wodza Naczelnego z dnia 3 maja 1922 r. (dekret L. 19400/O.V.) został zweryfikowany w stopniu kapitana, ze starszeństwem z dniem 1 czerwca 1919 roku i 1857. lokatą w korpusie oficerów piechoty. We włocławskim 14 pułku piechotyPo zakończeniu działań wojennych 14 pułk piechoty został dyslokowany do Włocławka, do którego to miasta przybył w maju 1921 roku. służył do marca 1931 roku zajmując w roku 1923 – 1712. lokatę wśród kapitanów korpusu piechoty. W roku 1924 była to już 1231. lokata wśród kapitanów piechoty, a w 1928 roku Stanisław Trojan zajmował 723. lokatę pośród kapitanów korpusu oficerów piechoty.