lokatę wśród majorów administracji w swoim starszeństwie i nadal piastował stanowisko komendanta KRU Siedlce.
W kampanii wrześniowej wziął udział w szeregach siedleckiego 22 pułku piechoty. Po agresji ZSRR na Polskę dostał się w Kowlu, w bliżej nieznanych okolicznościach, do niewoli sowieckiej. Więziony był następnie w obozie kozielskim i 9 kwietnia 1940 r.Według części źródeł został wywieziony z obozu kozielskiego w dniu 7 kwietnia 1940 roku i zamordowany następnego dnia. został zamordowany w Katyniu i tam pogrzebany. 28 lipca 2000 roku nastąpiło oficjalne otwarcie w tym miejscu Polskiego Cmentarza Wojennego w Katyniu.
5 października 2007 roku minister obrony narodowej Aleksander Szczygło – decyzją nr 439/MON – mianował go pośmiertnie na stopień podpułkownikaDecyzja Nr 439/MON Ministra Obrony Narodowej z dnia 5 października 2007 w sprawie mianowania oficerów Wojska Polskiego zamordowanych w Katyniu, Charkowie i Twerze na kolejne stopnie oficerskie. Decyzja nie została ogłoszona w Dzienniku Urzędowym MON.. Awans został ogłoszony 9 listopada 2007 roku w Warszawie, w trakcie uroczystości „Katyń Pamiętamy – Uczcijmy Pamięć Bohaterów”.
Rodzina Stanisław Trojan był żonaty z Anielą Gawłowską (ślub wzięli 17 marca 1934 r.