Dwa lata później na podstawie pracy o leczeniu raka krtani promieniami Roentgena uzyskał veniam legendi. W 1938 pogorszył się stan zdrowia prof. Feliksa Erbricha, Rada Wydziału Lekarskiego powierzyła wówczas kierowanie Kliniką Laryngo-Otiatryczną Dionizemu Zuberbierowi i zajmował on to stanowisko do wybuchu II wojny światowej. Podczas powszechnej mobilizacji zgłosił się ochotniczo jako lekarz wojskowy w randze porucznika. Przed wyruszeniem na front wspólnie z dr. Franciszkiem Łukaszczykiem ukrył w majątku rodziny swojej żony podarowany Polsce przez Marię Skłodowską-Curie rad, który przetrwał tam do zakończenia wojny.

Po agresji ZSRR na Polskę dostał się do niewoli sowieckiej. Przewieziony do obozu w Kozielsku. Wysłał stamtąd do rodziny kartkę pocztową, wiosną 1940 korespondencja ustała. Zamordowany przez NKWD w Katyniu. Na listach transportowych NKWD został wymieniony pod numerem 0323, pozycja 57 z dnia 14 kwietnia 1940. Jego ciało odnaleziono w 1943, podczas prac ekshumacyjnych przeprowadzonych przez Niemców w jednej ze zbiorowych mogił. Spoczywa na Polskim Cmentarzu Wojennym w Katyniu, tabliczka epitafijna nr.