Prace naukowe profesora Kaczanowskiego dotyczyły struktury antropologicznej historycznych populacji Krakowa, terenów Polski południowej. Szczególne znaczenie miały dla niego badania terenowe (antropometryczne oraz wykopaliska). Interesował się i badał ciałopalne oraz szkieletowe pochówki. Badania dotyczyły epoki brązu i innych materiałów aż do XVII wieku. Zwracał uwagę na paleopatologię i strukturę antropologiczną oraz ontogenezę z uwzględnieniem czynników środowiskowych. Uczestniczył w pracach wykopaliskowych na Wawelu – szczątków kostnych Kazimierza Jagiellończyka oraz Elżbiety Rakuszanki. Badał też cmentarze kościołach krakowskich św. Marka i św. Mikołaja oraz na Rynku krakowskim (cmentarzysko przedlokacyjne). Uczestniczył w badaniach archeologicznych (jako antropolog) na stanowiskach w Polsce południowej. Zajmował się problematyką ontogenezy (z uwzględnieniem oddziaływania środowiska społecznego). Uczestniczył w badaniach dzieci, młodzieży i osób dorosłych z Żywca i Żywiecczyzny. Był inicjatorem i organizatorem badań dzieci i młodzieży w okolicach Huty Katowice. Prowadził także badania nad konstytucją chorych na białaczki. Badania antropologiczne na polskim Spiszu były dla niego szczególnie ważne. Jest autorem haseł z zakresu antropologii w Wielkiej Encyklopedii PWN (2001–05) oraz w Encyklopedii Biologicznej (wyd.