W celu dokonania klasyfikacji, do badań należy pobrać sześć próbek w sezonie wegetacyjnym.
Przetwarzanie próbki Przebieg procesu polega na zidentyfikowaniu organizmów znajdujących się w kompletnej próbce. Następuje określenie przynależności badanego organizmu do odpowiedniej jednostki taksonomicznej – identyfikacja taksonomiczna mikroorganizmu. W tym przypadku jednostką taksonomiczną jest gatunek. Analiza ilościowa fitoplanktonu polega na policzeniu poszczególnych komórek, niekiedy także kolonii, cenobiów lub nici w określonej objętości wody, a następnie na oszacowaniu biomasy poszczególnych taksonów. Obecność mikroorganizmów w próbce wyraża się w jednostkach masy w objętości – mg/l.
Do szacowania biomasy wybranych taksonów glonów planktonowych używa się techniki Utermöhla bądź stężenia chlorofilu A.
Metoda Utermöhla polega na mikroskopowym liczeniu organizmów, pomiarze wielkości komórek i obliczaniu ich objętości.