Kościół katolicki w Smoleńsku został zniszczony w 1812 roku w wyniku działań wojennych podczas inwazji Napoleona na Rosję. W 1839 roku zbudowano nowy kościół pw. Narodzenia NMP w miejscu dawnego kościoła oraz cmentarza Francuzów poległych w 1812 roku. Jako że okazał się on za mały dla rosnącej liczby wiernych, w 1894 roku zburzono go i w 2 lata wzniesiono w tym samym miejscu obecny kościół z czerwonej cegły. Konsekracji dokonano 29 czerwca 1896 roku. Parafia prowadziła również dzieła charytatywne.
Po rewolucji październikowej kościół został ograbiony przez komunistów, jednak w początkowych latach ZSRR parafia działała. W 1930 roku władze zakazały odprawiania mszy świętych, a w 1938 roku kościół został znacjonalizowany i przekształcony w archiwum.
Parafia odrodziła się w listopadzie 1991 roku. Władze miejskie oddały parafii przedrewolucyjny grobowiec rodziny Komorowskich, w którym dotychczas znajdował się zakład pogrzebowy. Grobowiec ten służył jako kaplica i mieszkanie najpierw dla zakonnic, a następnie dla proboszcza. Po odzyskaniu i wyremontowaniu części budynków przykościelnych powstał w nich klasztor franciszkanów. Dobudowano do niego kaplicę.