Francisco Juan Martínez Mojica (ur. w Elche, 5 października 1963 r.), znany pod nazwą Francisco JM Mojica, jest hiszpańskim mikrobiologiem z Uniwersytetu Alicante w Hiszpanii, znanym z badań nad techniką edycji genotypu CRISPR.
W 1993 roku obserwowano powtórzenia w organizmach archeologicznych Haloferax i Haloarcula, a ich funkcje zostały zbadane przez Francisco Mojicę. Pomimo że jego hipoteza okazała się błędna, Mojica przypuszczał, że zgrupowane powtórzenia odgrywają istotną rolę w prawidłowej segregacji replikowanego DNA w komórkach "córkach" podczas podziału komórek. Działo się tak, ponieważ plazmidy i chromosomy z identycznymi powtórzonymi tablicami nie mogły współistnieć w obrębie Haloferax volcanii. Po raz pierwszy odnotowano również transkrypcję przerywanych powtórek. Do roku 2000 grupa Mojiki zidentyfikowała przerwane powtórzenia w 20 gatunkach drobnoustrojów.
W roku 2001 Mojica i Ruud Jansen, którzy szukali dodatkowych przerywanych powtórek, zaproponowali akronim CRISPR (Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats), aby złagodzić zamieszanie wynikające z licznych akronimów używanych do opisu sekwencji w literaturze naukowej.
W 2017 Mojica był laureatem nagrody Albany Medical Center.