Od 1 listopada 2014 do listopada 2024 był dziekanem tego dekanatu.
19 marca 2001 Rada Wydziału Teologicznego Uniwersytetu Kardynała Stefana Wyszyńskiego w Warszawie nadała mu stopień doktora nauk teologicznych w specjalności liturgika na podstawie pracy pt. „Pastoralno-liturgiczne funkcje rodziny w polskiej literaturze posoborowej”. Promotorem pracy był ks. prof. Jerzy Lewandowski. Od 1993 ks. Edmund Skalski był wykładowcą w Gdańskim Seminarium Duchownym, a od 2001 w Wyższym Seminarium Duchownym Diecezji Pelplińskiej.
W 1999 otrzymał tytuł kanonika honorowego Kapituły Katedralnej Pelplińskiej. 22 stycznia 2003 papież Jan Paweł II nadał mu godność honorową kapelana Jego Świątobliwości. Od 16 lutego 2010 był prepozytem Kapituły Kolegiackiej Gdyńskiej. W latach 2003–2014 pełnił funkcję głównego ceremoniarza archidiecezjalnego. W strukturach archidiecezji gdańskiej został przewodniczącym Komisji Liturgicznej (od 2003) oraz członkiem Rady Kapłańskiej i Kolegium Konsultorów (od 2011). 30 czerwca 2020 abp Sławoj Leszek Głódź nadał ks. prał. Edmundowi Skalskiemu tytuł honorowy infułata kapitulnego przy Kapitule Kolegiackiej Gdyńskiej.
W latach 2018–2019 przeprowadził remont kolegiaty gdyńskiej, zakończony podniesieniem kościoła do rangi bazyliki mniejszej.