W lipcu 2008 Moreno został zawodnikiem krajowego giganta – zespołu Atlético Nacional. Władze klubu z Medellín zapłaciły za niego 2,5 miliona dolarów (za 90% praw do karty zawodniczej), co uczyniło go najdroższym piłkarzem w historii ligi kolumbijskiej. W barwach Atlético Nacional spędził kolejne dwa lata – trafił jednak na kilkuletni okres posuchy w dziejach drużyny i nie wywalczył żadnego osiągnięcia. Mimo to lewonożny gracz pozostawał jednak niekwestionowaną gwiazdą ekipy i całej ligi kolumbijskiej (we wszystkich rozgrywkach zanotował 81 meczów i strzelił 44 gole), imponując świetną skutecznością, techniką, kontrolą piłki (mimo wysokiego wzrostu) oraz perfekcyjnym kreowaniem akcji. Równolegle był jednym z podstawowych piłkarzy kadry narodowej i kilkukrotnie otrzymywał oferty transferu z klubów z Argentyny, Meksyku i Portugalii.