Pierwszy gen eukariotyczny sklonowano w 1974.
Enzymy restrykcyjne i ligaza DNA thumb|250px|Przykładowy enzym restrykcyjny BamHI rozpoznaje sekwencję 5'-GGATCC-3' w DNA i przecina jego obie nici po pierwszej guaninie od końca 5', pozostawiając lepkie końce
W technikach inżynierii genetycznej szeroko stosuje się endonukleazy restrykcyjne klasy II, które przecinają cząsteczkę DNA dokładnie w rozpoznawanym miejscu. Są one narzędziem fragmentowania DNA przez cięcie w określonych miejscach, co umożliwia izolację genów lub zespołów genów. W większości przypadków enzymy te przecinają obie nici cząsteczki DNA na różnej wysokości, przez co powstają tzw. lepkie końce. Dzięki temu ułatwione jest łączenie fragmentów. Fragmenty DNA różnego pochodzenia przecięte tym samym enzymem restrykcyjnym po umieszczeniu razem w odpowiednich warunkach mogą połączyć się wiązaniami wodorowymi między parami komplementarnych zasad azotowych w lepkich końcach. Aby powstały jeszcze kowalencyjne połączenia fragmentów stosuje się ligazę DNA, najczęściej pochodzącą z bakteriofaga T4.