W wyniku działań wojennych w czasie wojny obronnej na terytorium Litwy znalazło się około czterdziestu tysięcy obywateli polskich.
Na granicy polsko-litewskiej znalazł się również Marian Chodacki, ostatni Komisarz Generalny Rzeczypospolitej Polskiej w Wolnym Mieście Gdańsku, który został aresztowany 1 września 1939 przez Niemców. Wskutek protestów wydalonego z terytorium Gdańska Wysokiego Komisarza Ligi Narodów Carla Jakoba Burckhardta, Niemcy 5 września 1939 wywieźli Chodackiego wraz z częścią pracowników Komisariatu na granicę z Litwą i tam wypuścili.
Stosunek władz litewskich Organy administracyjne Litwy niezbyt skutecznie usiłowały przeciwdziałać napływowi uchodźców, tylko w nielicznych przypadkach udzielając zgody na wjazd Polaków na Litwę, a w styczniu 1940 wydano zarządzenie o wydalaniu osób nielegalnie przekraczających granicę. Władze litewskie w stosunku do będących znacznym problemem gospodarczym i politycznym Polaków wydawały rozporządzenia w znacznym stopniu ograniczające ich prawa. Jako „obywatele państwa, które było wrogie Litwie nie mogli należeć do organizacji politycznych, wypowiadać się publicznie w sprawach porządku i życia na Litwie, brać udziału w dyskusjach, zgromadzeniach i pochodach, wygłaszać wykładów i publikować w prasie zagranicznej.