Władze litewskie były alarmowane przez funkcjonujące na obszarze Prus Wschodnich Gestapo o kontaktach polskich oficerów z konspiracją na Wileńszczyźnie oraz wywiadem francuskim i brytyjskim. 25 października 1939 roku w obozie w Rakiszkach wybuchły zamieszki między polskimi oficerami i kadetami a polskimi żołnierzami. „Potem oficerowie zaczęli strzelać do litewskich strażników”. Po stłumieniu buntu zagrozili, że następnym razem lepiej się przygotują. Około 2500 internowanych uciekło z obozów, co wynikało z faktu, że niektóre z tych placówek miały dogodne do tego warunki, a straż była słaba. Ucieczki te wywoływały noty protestacyjne Związku Sowieckiego i Niemiec do władz litewskich.
Okupacja sowiecka Po 15 czerwca 1940, w początkowym okresie sowieckiej okupacji Litwy nadal istniały sprzyjające warunki do ucieczek, rygor zaostrzono już 21 czerwca, lecz nadal zdarzały się ucieczki. W lipcu 1940 NKWD z litewskich obozów dla internowanych przejęło 4373 osadzonych.