W II Rzeczypospolitej w Baranowiczach utworzono jeszcze dwie parafie katolickie: wojskową przy zbudowanym na początku lat 20. kościele garnizonowym św. Antoniego Padewskiego i Matki Bożej Królowej Korony Polskiej, w której w 1937 otwarto drewnianą kaplicę. Rozpoczęto ponadto niedokończoną przed wybuchem wojny budowę kościoła i klasztoru werbistów.
Po wybuchu wojny, już w czasie I okupacji sowieckiej zniszczono kościół garnizonowy oraz dom parafialny i plebanie parafii Podwyższenia Krzyża Świętego.
Po II wojnie światowej miasto znalazło się w granicach ZSRS. Kościół Podwyższenia Krzyża Świętego pozostawał czynny przez cały okres komunizmu (od 1949 lub 1950, gdy zamknięto i rozebrano kaplicę pw. Matki Bożej Królowej Korony Polskiej, był to jedyny kościół katolicki w mieście). Duchowieństwo oraz wiernych świeckich dotykały jednak prześladowania. Ks. Jan Borysiuk, proboszcz w latach 1933–1947 został aresztowany przez NKWD i skazany na 10 lat łagru. W 1953 zmarł na Syberii.
W latach 1949–1978 proboszczem był ks. Stanisław Rogowski. Trafił on do parafii w 1939 jako neoprezbiter. Po wojnie został proboszczem parafii Matki Bożej Królowej Korony Polskiej. Od aresztowania ks.