Jednak już w 1691, po śmierci Joachima, zezwolono na przybycie do Moskwy kolejnych kapłanów katolickich (źródła nie są zgodne czy byli to księża diecezjalni czy franciszkanie). W 1698 wybudowano pierwszy kościół katolicki w Moskwie, a po jego spaleniu kolejny pw. śś. Apostołów Piotra i Pawła. W 1783 parafia weszła w skład nowo powstałej archidiecezji mohylewskiejks. Józef Dębiński Kościół katolicki w Rosji. W latach 1839–1849 wybudowano nowy kościół.
Kościół śś. Apostołów Piotra i Pawła w Moskwie został zamknięty przez komunistów i w 1937 znacjonalizowany. Wraz ze świątynią bolszewickie władze zagarnęły cały XIX-wieczny kompleks budynków parafialnych znajdujący się przy Milutińskim Zaułku obok kościoła. Mieściły się w nich dom starców, przytułek, szkoła dla dziewcząt, biblioteka i stowarzyszenie dobroczynne. Od upadku ZSRS trwają starania o zwrot tych budynków. 26 maja 2017 Sąd Arbitrażowy orzekł, iż cztery budynki należą się katolickiej archidiecezji, jednak władze Moskwy nadal podtrzymują odmowę ich zwrotuDeon Ks.