U grzybów workowych podziemne owocniki powstały na dwa różne sposoby: jako owocniki zamknięte typu klejstotecjum, np. w rzędzie kropidlakowców Eurotiales, przez stopniowe przekształcanie się otwartych owocników naziemnych (apotecjów). Ten proces występował częściej i polegał na stopniowym fałdowaniu hymenium doprowadzającym w końcu do całkowitego jego zamknięcia. Tak powstały np. owocniki z rodzaju Tuber (trufla).
U grzybów podstawkowych proces tworzenia owocników podziemnych przebiegał różnie w różnych ich grupach i niezależnie od siebie. Owocniki grzybów kapeluszowych w początkowych etapach rozwoju są kuliste. W trakcie rozwoju następuje rozprostowywanie ich kapelusza. Niektóre gatunki jednak w procesie ewolucji stopniowo traciły zdolność do rozprostowywania się kapelusza, a równocześnie z tym następowało fałdowanie hymenium i redukcja trzonu. Tak powstały np. grzyby z rodzajów Chamonixia (borowiczka) czy Octaviania (podziemka). Inny był mechanizm powstawania owocników podziemnych u grzybów krzaczkowatych, np. w rodzaju Gautieria (wnętrznica).