Krok 2 Następnie przy pomocy iteracji należy sprawdzić, czy lepszym medoidem nie jest inny punkt ze zbioru. Metoda obliczeń jest analogiczna do stosowanej w kroku 1. Odległość od x6 = (7,3)Odległość od x13 = (5,4)x2 (8,5) 3 4x3 (7,3) 0 3x4 (6,3) 1 2x5 (2,4) 6 3x6 (7,3) 0 3x7 (1,2) 7 6x8 (7,1) 2 5x9 (4,4) 4 1x10 (5,5) 4 1x11 (4,2) 4 3x12 (1,1) 8 7x13 (5,4) 3 0x14 (4,9) 9 6x15 (9,2) 3 6 ∑odległości 14 27 Odległość od x2 = (8,5)Odległość od x9 = (4,4)x1 (7,8) 4 7x2 (8,5) 0 5x3 (7,3) 3 4x4 (6,3) 4 3x5 (2,4) 7 2x6 (7,3) 3 4x7 (1,2) 10 5x8 (7,1) 5 6x9 (4,4) 5 0x10 (5,5) 3 2x11 (4,2) 7 2x12 (1,1) 11 6x13 (5,4) 4 1x14 (4,9) 8 5x15 (9,2) 4 7 ∑odległości 19 26
Algorytm PAM dąży do minimalizacji sumy odległości wszystkich elementów niebędących medoidami od najbliższych im medoidów. Punkty x13 oraz x2 okazują się być gorszymi medoidami, niż punkty x6 i x9, dla których suma odległości wszystkich elementów jest najmniejsza.