Cała szóstka ukończyła podstawowe szkolenie w listopadzie 2010 roku i rozpoczęła dalsze przygotowania.
17 marca 2014 roku przydzielono go do długiej misji na Międzynarodowej Stacji Kosmicznej, podczas gdy pierwszy lot kosmonauty z jego naboru (Sojuz TMA-09M z włoskim pilotem Lucą Parmitano) odbył się już w 2013 roku. Najmłodszy z całej szóstki Pesquet pierwszy lot kosmiczny miał odbyć jako ostatni z grupy. Wcześniej służył jako dubler dla Andreasa Mogensena (10-dniowa misja iriss, wrzesień 2015).
alt=Załoga Sojuza MS-03 przed kapsułą Sojuz|mały|Załoga Sojuza MS-03 Przed pierwszym lotem Francuz ćwiczył m.in. biorąc udział w pierwszej edycji europejskiego treningu speleologicznego ESA CAVES na Sardynii (wrzesień 2011) oraz w dwóch misjach podwodnych NASA do podwodnego habitatu-laboratorium Aquarius u wybrzeży Florydy. W trakcie pierwszej z nich, pięciodniowej SEATEST II (NEEMO 17, wrzesień 2013) Pesquet pełnił rolę pozostającego na powierzchni kierownika misji odpowiedzialnego za komunikację z zespołem podwodnym;