Planowano budowę sześciu jednostek, z których pierwsze dwie zwodowano w Niemczech; kolejne cztery miały powstać w argentyńskiej stoczni w Buenos Aires, jednak żadnej z nich nie ukończono.
„San Juan” został zamówiony przez rząd Argentyny 30 listopada 1977 roku i zbudowany w stoczni Nordseewerke w Emden (numer budowy 465). Stępkę okrętu położono 18 marca 1982 roku, a zwodowany został 20 czerwca 1983 roku.
Dane taktyczno–techniczne „San Juan” był dużym okrętem podwodnym konstrukcji jednokadłubowej o długości całkowitej 65,9 metra, szerokości 7,3 metra (8,36 metra nad statecznikami) i zanurzeniu 6,5 metra. Kadłub miał długość 47,44 metra i średnicę 7,3 metra. Wyporność w położeniu nawodnym wynosiła 2080 ton (bez zbiorników balastowych), a w zanurzeniu – 2280 ton.
Okręt napędzany był na powierzchni i w zanurzeniu przez trakcyjny silnik elektryczny prądu stałego Siemens 1H4525 o mocy 6600 kW (8980 KM) przy 200 obr./min, zasilany z ośmiu baterii akumulatorów po 120 ogniw o łącznej pojemności 11 900 Ah (w ciągu czasu rozładowania wynoszącego 10 godzin), ładowanych przez generatory o mocy po 1100 kW, poruszane czterema czterosuwowymi, 16-cylindrowymi silnikami wysokoprężnymi MTU 16V 652 MB80 o łącznej mocy 4940 kW (6720 KM).