Dzięki pośrednictwu profesora teologii w Braniewie Karla Eschweilera otrzymał od semestru zimowego 1931/1932 stanowisko docenta w Państwowej Akademii w Braniewie (Prusy Wschodnie). W 1933 roku został mianowany profesorem prawa kanonicznego.
Barion w okresie dyktatury nazistowskiej Pod wpływem namowy profesorów Carla Schmitta i Karla Eschweilera wstąpił w 1933 do NSDAP. W tym samym roku opublikował pracę Kirche oder Partei?, popierającą narodowy socjalizm. Latem 1934 został suspendowany wraz z prof. Karlem Eschweilerem, w 1935 złożył (też z Eschweilerem) deklarację lojalności (Loyalitätserklärung) i został przywrócony na stanowisko profesoraThomas Becker (Hg.) Zwischen Diktatur und Neubeginn Die Universität Bonn im ›Dritten Reich‹ und in der Nachkriegszeit V&R unipress Bonn University Press, 2008, V&R unipress in GöttingenReinhard Mehring Carl Schmitt: Aufstieg und Fall, 2022.
W 1937 Barion ubiegał się o stanowisko profesora prawa kościelnego na Uniwersytecie Ludwika i Maksymiliana w Monachium, jednak sprzeciwił się temu rząd Bawarii i kardynał Michael von Faulhaber.