W konflikt włączyli się także jezuici, próbując doprowadzić do rozejmu. Manuel da Nóbrega i José de Anchieta spotykali się z indiańskimi liderami, zachęcając ich do zakończenia konfliktu, w czym mieli pomóc jezuici. Jednak przywódcy Konfederacji Tamoios nie chcieli jedynie wyrzucenia Portugalczyków ze swoich ziem – domagali się stracenia wodzów tych plemion, które walczyły po stronie Europejczyków. Dzięki negocjacjom udało się na krótko zawiesić walki, podpisując w 1563 roku traktat pokojowy w Iperoig (dzisiaj Ubatuba w stanie São Paulo). Jednak Portugalczycy wykorzystali okres pokoju na wzmocnienie swoich pozycji wojskowych, po czym wznowili ataki na Indian, biorąc ich w niewolę. Pokonali też wspierających Indian Francuzów i zmusili ich do opuszczenia okolic dzisiejszego Rio de Janeiro. Ostateczna bitwa rozegrała się 20 stycznia 1567 roku pod Cabo Frio. Estácio de Sá, kuzyn gubernatora Mema de Sá rozbił siły indiańskie, a w walce zginął również przywódca Konfederacji Tamoios, Aimberê.
Upamiętnienie Tamoios W 1856 roku powstał poemat pt. A Confederação dos Tamoios autorstwa poety nurtu romantyzmu Domingosa José Gonçalves de Magalhães.
W 1883 roku malarz Rodolfo Amoedo namalował obraz O último Tamoio (Ostatni Tamoio), który przedstawia śmierć ostatniego wojownika Konfederacji.