Podczas okupacji niemieckiej poszukiwany był przez Niemców, ukrywał się, wstąpił do organizacji konspiracyjnej ZWZ gdzie jako sportowiec i żołnierz rezerwy brał udział w tworzeniu tras, punktów łączności i melin służących do przerzucania polskich żołnierzy i cywilów z okupowanej Polski na Węgry przez granicę słowacką.

Do służby kurierskiej zaangażował swojego wychowanka, zawodnika sądeckiego Klubu Sportowego KPW Romana Stramkę ps. „Romek”. Wiosną 1940 roku będąc w Budapeszcie Kwiatkowski został zaprzysiężony i jako żołnierz podziemia pod ps. ”Tomek” rozpoczął regularną pracę kuriera na trasie Warszawa – Kraków – Nowy Sącz – Budapeszt. Kwiatkowski pokonywał szlaki kurierskie o kryptonimach „Poprad" i „Dunajec", przebiegały one przez Piwniczną i Szczawnicę, gdzie najczęściej przekraczał granicę.