Mimo tej zdystansowanej wobec filozofii nazistowskiej publikacji Bariona uznano za politycznie wiarygodnego i zdatnego do współtworzenia nowego państwa (choć był on wątłej postury i nie przejawiał predyspozycji wodzowskich). Dlatego Barion otrzymał w 1936 po profesorze Dyroffie tymczasowe kierownictwo katedry, a w 1938 został powołany na profesora katedry Państwowej Akademii w Braniewie. Po odejściu profesora Hansa Bariona (z którym nie był spokrewniony) Jakob Barion został w 1938 rektorem Państwowej Akademii w Braniewie. Godne uwagi jest jego dzieło „Platons Sendung und Werk in ihrer geschichtlichen Stellung”, które opublikował ukryte w dodatku do katalogu wykładów akademii w 1941 roku. W nim to opisał okrutnego tyrana Dionizego I z SyrakuzChristian Tilitzki Universitätsphilosophie in der Weimarer Republik und im Dritten Reich, Berlin 2002, s. 1126.. Jakob Barion był ostatnim rektorem Państwowej Akademii w Braniewie. W Braniewie mieszkał przy Yorkstraße 1a (al. Wojska Polskiego)Stadt Braunsberg im Ermland: ein Familienbuch, von Walter Merten, 1976, s. 346, zanim opuścił miasto w dniu 6 lutego 1945 roku, tuż przed nadejściem frontu Armii Czerwonej.