Na początku wojny trzydziestoletniej Kłodzko opowiedziało się po stronie Fryderyka V, elektora Palatynatu. W 1622 r. miasto zostało zdobyte przez Austriaków. Zniszczeniu uległ zamek, który Austriacy postanowili zamienić w twierdzę. Pracami fortyfikacyjnymi kierował w latach 1680–1702 Jakob Carova według projektu Saebischa. W czasie I wojny śląskiej Kłodzko na mocy pokoju wrocławskiego (1742 r.) przeszło pod panowanie Prus. Fryderyk II Wielki, doceniając strategiczne położenie miasta, przystąpił do modernizacji fortyfikacji poaustriackich i rozbudowy Twierdzy Kłodzko. W czasie wojny siedmioletniej Austriacy zdobyli miasto w 1760 r., ale musieli je zwrócić Prusom na mocy pokoju w Hubertusburgu (1763 r.). Ostatni raz twierdza oblegana była podczas wojen napoleońskich w 1807 r.