Kłodzko rozwinęło się nad Nysą Kłodzką. W obrębie miasta uchodzą do niej tylko małe cieki o charakterze potoków: Jodłownik i Jaszkówka. Powyżej niego do Nysy Kłodzkiej wpływa Bystrzyca Dusznicka, przed samym Kłodzkiem Nysa zasilana jest jeszcze przez Białą Lądecką, a poza miastem na północy przez Ścinawkę.

Specyfika położenia Kłodzka oraz zbieg kilku ważniejszych cieków przyczynia się czasem do znacznych szkód wskutek spiętrzenia wód Nysy Kłodzkiej. Do największych powodzi należały te w latach: 1310, 1938, 1997 oraz 2024. Nysa zasila Młynówkę, zasilającą kiedyś dwa młyny i wydzielającą Wyspę Piasek.

Przyroda Flora Roślinność naturalna Kłodzka należy do Działu Sudeckiej Krainy Podgórza Okręgu Środkowosudeckiego.

Przy intensywnym zagospodarowaniu rolniczym już w średniowieczu Kotlina Kłodzka została pozbawiona w większości zadrzewienia, które zostało zastąpione przez pola uprawne. Świadectwem po tych dawnych zespołach leśnych są nieliczne okazałe drzewa o charakterze pomnikowym, jak np.