Sezon 2003/04 Drugiej ligi Srbije i Crne Gore – 12. edycja rozgrywek serbsko-czarnogórskiej Drugiej ligi (srb. Дpугa caвeзнa лига – Druga savezna liga) w piłce nożnej.
Od sezonu 2003/04 Druga liga SR Јugoslavije zmieniła nazwę na Druga liga Srbije i Crne Gore (4 lutego 2003 Federalna Republika Jugosławii została rozwiązana, a w jej miejscu powstało państwo związkowe nazwane Serbią i Czarnogórą).
Rozgrywki toczyły się w czterech grupach: Sjever (Północ), Zapad (Zachód) i Istok (Wschód) – były to trzy grupy serbskie oraz Jug (Południe) – grupa czarnogórska i występowało w nich łącznie 40 drużyn. Po zakończeniu sezonu mistrzowie każdej grupy serbskiej awansowali bezpośrednio do Super ligi Srbije i Crne Gore, cztery ostatnie drużyny spadły do Srpskiej ligi, a drużyny z 6. miejsca w tabeli zagrają w barażu o pozostanie w nowej Prvej lidze Srbije. Mistrz grupy czarnogórskiej po zakończeniu sezonu awansuje bezpośrednio do Super ligi Srbije i Crne Gore, ostatnia drużyna spadła do Drugiej crnogorskiej ligi, a drużyna z 9.