W okresie wojny trzydziestoletniej (1618–1648) przemarsze wojsk wszystkich walczących armii, rabunki, napady i choroby zubożyły ludność miasta. W tym okresie przybyli do Szczecinka francuscy hugenoci, którzy założyli podwaliny przemysłu tytoniowego i drobne zakłady rzemieślnicze. Od 1637 miasto znajdowało się pod panowaniem państwa brandenbursko-pruskiego, przekształconego w 1701 w Królestwo Prus, pozostając w niedużej odległości z trzech stron otoczonym terytorium Polski – od zachodu do 1657 (utrata Czaplinka przez Polskę) i od południa i wschodu do 1772 (I rozbiór Polski).
W 1724 r. utworzono powiat Neustettin.
W 1780–1784 obniżono znacznie wody jezior Wielimie i Trzesiecko, odsłaniając wiele gruntów. Szczecinek otrzymał połączenie z innymi miastami (w drugiej połowie XIX stał się węzłem kolejowym), zaczął się rozwijać przemysł, a liczba ludności wzrastać. Koniec XVIII wieku i wiek XIX to okres ożywienia gospodarczego, nastąpił rozwój sukiennictwa, handlu zbożem i drewnem, tkacze z Grudziądza rozpoczęli produkcję pasów wełnianych. mały|Kościół Mariacki w Szczecinku ok. 1908 r. W wyniku przegranej przez Prusy IV wojny w lutym 1807 r. Szczecinek zajęły wojska napoleońskie. W ciągu następnych lat kwaterowały tu dziesiątki tysięcy żołnierzy. Katastrofa Wielkiej Armii i jej odwrót spod Moskwy miały swój finał w Szczecinku.