Na rozwój prawa patronatu wpłynął również obowiązek polegający na tym, że duchowni musieli poddać się opiece rycerskiej, co prowadziło do nadużywania władzy oraz przejmowania prawa do beneficjum przez opiekunów.

Powstawanie tak wielu kościołów prywatnych rodziło potrzebę regulacji prawa patronatu, czego jako pierwszy w swoich rozporządzeniach dokonał papież Aleksander III, który zabronił pobierania danin z majątków kościelnych. Aleksander III ograniczył również prawo do obsadzania stanowisk kościelnych. Od tego momentu fundatorzy mogli jedynie przedstawiać kandydatów na dane stanowiska kościelne, a prawo wyboru i mianowania kandydata pozostawiono biskupom.

Najobszerniejszej regulacji prawa patronatu dokonano podczas Soboru Trydenckiego w latach 1545–1547. Wówczas to pozbawiono osoby świeckie przywileju prezentacji oraz dysponowania beneficjami. Zakazano również nadawania prawa prezenty w przyszłości, a osoby dysponujące prawem patronatu zachęcano do zrzeczenia się go. Sobór wprowadził wymóg upływu 50 lat jako warunek przedawnienia dla wprowadzenia prawa patronatu.