Uzyskanie autonomii przez Galicję oraz wprowadzenie w 1870 r. języka polskiego jako wykładowego przyciągnęła do Krakowa wielu młodych, utalentowanych przyrodników, którzy przez pracę na Uniwersytecie pragnęli pracować dla kraju.
W końcu XIX w. powstawały kolejne Katedry, a w 1913 r. usamodzielnił się pierwszy Instytut — Botaniki. Pięć lat później powstał Instytut Geograficzny. Znaczne zmiany organizacyjne przyniósł dopiero rok 1945, kiedy Wydział Filozoficzny podzielono na dwie części: Wydział Humanistyczny i Wydział Matematyczno-Przyrodniczy.
Historia i struktura Wydziału Wydział Biologii i Nauk o Ziemi UJ rozpoczął działalność w 1951 r., co zostało prawnie usankcjonowane na początku 1952 r. Rozwijały się w jego obrębie nauki przyrodnicze – biologia, geografia i geologia, nauki o środowisku oraz biologia molekularna, która usamodzielniła się w 2002 r., tworząc osobny Wydział Biotechnologii UJ. W 2017 r. instytuty kształcące w zakresie geografii i geologii wydzieliły się tworząc nowy Wydział Geografii i Geologii Uniwersytetu Jagiellońskiego. W związku z tym 1 stycznia 2018 r. Wydział zmienił nazwę na Wydział Biologii UJ.
Od 2017 r.