W lipcu 2011 – bezpośrednio po spadku Gimnasii – Fernández udał się na wypożyczenie do trzecioligowego CA Temperley. Okazało się to udanym ruchem – w barwach Temperley spędził rok w roli podstawowego zawodnika, a po powrocie do Gimnasii wywalczył sobie niepodważalne miejsce w wyjściowym składzie. W rozgrywkach 2012/2013 awansował z nią z powrotem do najwyższej klasy rozgrywkowej. Premierowego gola w pierwszej lidze strzelił 17 sierpnia 2013 w wygranej 3:1 konfrontacji z Rosario Central. Szybko został wyróżniającym się graczem swojej ekipy, a ogółem w barwach Gimnasii spędził cztery i pół roku, nie odnosząc jednak poważniejszych sukcesów zarówno na arenie krajowej, jak i międzynarodowej. Jego udane występy zaowocowały zainteresowaniem ze strony klubów meksykańskich, brazylijskich i czołowych argentyńskich.
W styczniu 2016 Fernández przeszedł do krajowego giganta – CA River Plate ze stołecznego Buenos Aires. Kwota transferu wyniosła 2,1 miliona dolarów (za 70% praw do karty zawodniczej). Szybko został podstawowym zawodnikiem środka pola w taktyce trenera Marcelo Gallardo. Jeszcze w tym samym roku wygrał z River superpuchar Ameryki Południowej – Recopa Sudamericana i zdobył puchar Argentyny – Copa Argentina.