24 zespoły z Segunda División B (2015/2016). Zespoły z pięciu najlepszych miejsc z czterech grup (oprócz drużyn rezerw) oraz pięć drużyn z największą liczbą punktów (nie wliczając drużyn rezerw): CD Alcoyano Amorebieta Arenas Barakaldo Burgos Cádiz CF Cartagena Cornellà Cultural Leonesa Guijuelo Hércules CF Lleida Esportiu Lorca FC Real Murcia Racing Ferrol Racing Santander Real Unión CF Reus Deportiu Sestao River Socuéllamos CD Toledo Tudelano UCAM Murcia UD Logroñés
18 drużyn z Tercera División (2015/16). Zwycięzcy każdej z osiemnastu grup (oprócz drużyn rezerw): Andorra Atlético Cirbonero Atlético Mancha Real Atlético Saguntino Atlético Sanluqueño Boiro Calahorra Caudal Conquense Extremadura UD Formentera Laredo Lorca Deportiva Prat San Sebastián de los Reyes Villa de Santa Brígida Zamora Zamudio
1/16 finału Pierwsze mecze rozgrywane były pomiędzy 26 października a 1 grudnia 2016 roku, natomiast rewanże pomiędzy 30 listopada a 22 grudnia 2016 roku.
1/8 finału Pierwsze mecze rozgrywane były pomiędzy 3 a 5 stycznia 2017 roku, natomiast rewanże pomiędzy 10 a 12 stycznia 2017 roku.
Pierwsze mecze
Rewanże
1/4 finału Pierwsze mecze rozgrywane były 18 i 19 stycznia 2017 roku, natomiast rewanże pomiędzy 24 a 26 stycznia 2017 roku.
Pierwsze mecze
Rewanże