W styczniu 2016 Rigoni przeszedł do czołowego klubu w kraju – CA Independiente. Władze ekipy z Avellanedy wykupiły 50% praw do jego karty zawodniczej za sumę 1,3 miliona dolarów. Od razu został podstawowym piłkarzem ekipy, jednak gwiazdą ligi został dopiero kilka miesięcy później; po przyjściu do zespołu trenera Ariela Holana. Podczas swojego pobytu w Independiente był najskuteczniejszym zawodnikiem drużyny, mimo iż występował głównie w drugiej linii. Imponował dynamiką, techniką, kondycją i umiejętnością posługiwania się w równym stopniu obiema nogami, współtworząc formację ofensywną z graczami takimi jak Emmanuel Gigliotti czy Ezequiel Barco. Zawodnikiem Independiente pozostawał przez półtora roku, nie odnosząc jednak większych osiągnięć zarówno na arenie krajowej, jak i międzynarodowej.
W sierpniu 2017 Rigoni za sumę 9 milionów euro przeniósł się do rosyjskiego Zenitu Petersburg, podpisując z nim czteroletni kontrakt.