Dynastia Udalrichingerów wygasła w połowie XII wieku.
Około 1170 Hugo Montfort z Tybingi założył przy zamku w Bregencji miasto nowego typu (wzmiankowane po raz pierwszy w 1249, poszerzone potem w XIII i XIV wieku, a następnie w latach 1650–1652). W 1451 Habsburgowie kupili połowę hrabstwa Bregencji wraz z miastem. Po wymarciu w 1523 bregenckiej gałęzi rodu Montfort pozostała część tego hrabstwa została włączona w granice tzw. (Vorderösterreich).
Od 1726 ośrodek władzy (najpierw Obervogtei, od 1786 Kreisamt) Austrii w Vorarlbergu. Pomiędzy 1805 a 1814 pod rządami bawarskimi, po kongresie wiedeńskim (1815) Vorarlberg wraz z Bregencją i sąsiednim regionem Tyrol zwrócony został Cesarstwu Austrii. W latach 1842–1850 budowa portu (później rozbudowywanego w latach osiemdziesiątych XIX w.), w 1872 budowa linii kolejowej przechodzącej przez miasto, co rozpoczęło rozprzestrzenianie się miasta na pobliską okolicę. W 1861 ustanowiono w Bregencji siedzibę landtagu dla Vorarlberga. Po wybuchu I wojny światowej powstał Centralny Komitet Wychodźczy dla Przedarulanii z siedzibą w Bregencji. Od 1918 siedziba gubernatora Landeshauptmann kraju związkowego. W roku 1919 włączono do Bregencji wieś Rieden Vorkloster. W roku 1938, po anschlussie Austrii przez III Rzeszę, ustanowiono Bregencję stolicą powiatu (Kreisstadt).