Znacząco zyskał na popularności podczas pandemii COVID-19, przez pewien czas według sondaży utrzymywał lokatę polityka z najwyższym stopniem zaufania w Polsce.
W maju 2020 zostały ujawnione informacje o otrzymanych przez rodzinę ministra grantach z Narodowego Centrum Badań i Rozwoju opiewających na 150 milionów złotych. Dodatkowe kontrowersje budził fakt, że w komisjach przyznających niektóre z grantów zasiadał brat Łukasza Szumowskiego. W tym samym miesiącu posłowie Koalicji Obywatelskiej zgłosili wniosek o wotum nieufności wobec ministra, który został odrzucony na posiedzeniu Sejmu 5 czerwca 2020 (za 213, przeciw 237, wstrzymujące 0.
18 sierpnia 2020 złożył rezygnację ze stanowiska ministra zdrowia. Dwa dni później został odwołany przez prezydenta RP z tej funkcjiPostanowienie Nr 1131.18.2020 Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej z dnia 20 sierpnia 2020 r. o zmianie w składzie Rady Ministrów ().. Pod koniec stycznia 2022 ogłosił swoją rezygnację z mandatu poselskiego w związku z powołaniem na dyrektora Narodowego Instytutu Kardiologii;