Rozmnażanie Eugleniny rozmnażają się przez podział podłużny komórki. Jądro dzieli się mitotycznie, bez wrzeciona podziałowego. Podczas podziału dzielą się paski peryplastu, stigma, aparat wiciowy itd. Procesy płciowe są znane słabo, według niektórych badaczy być może wcale nie występują.
Systematyka
Systematyka euglenin długo nastręczała trudności zarówno na poziomie odkrywania pokrewieństwa między rodzajami, jak i między eugleninami a innymi grupami. Ze względu na specyficzny status, pozostawały one poza głównym obszarem zainteresowań tak botaniki, jak i zoologii. Szczególne trudności taksonomiczne sprawiały eugleniny bezzieleniowe i stan ten trwa również na początku XXI w., mimo rozwoju filogenetyki molekularnej.
W połowie XX w. Leedale zaproponował system podziału na następujące rzędy (bez wydzielania rodzin): Eutrepiales (eutreptiowce), np. Eutreptia – glony o wiciach jednakowej długości Euglenales (euglenowce), np. Colacium, Euglena, Phacus, Lepocinclis, Trachelomonas – typowe eugleniny Rhabdonemonadales – protisty bezzieleniowe Sphaenomonadales – protisty bezzieleniowe Heteronematales – protisty bezzieleniowe Euglenomorphales – protisty bezzieleniowe