Był zapalonym kolekcjonerem. Nabywał wartościowe rękopisy, rzadkie monety i ciekawe przedmioty różnego rodzaju. Pośród jego najbardziej znanych odkryć była pochodząca z VI wieku kopia traktatu Dioskurydesa De Materia Medica, zawierającego kompendium ziół leczniczych. Po namowie Busbecqusa cesarz zakupił to dzieło. Rękopis ten jest obecnie znany jako Vienna Dioscurides. Pasja zielarska Busbecqa sprawiła, że wysłał on cebulki tureckich tulipanów swojemu przyjacielowi Charles'owi de L’Écluse, który przystosował te kwiaty do uprawy w Niderlandach. Busbecq'owi przypisuje się także sprowadzenie do północnej europy bzu (choć jest to dyskusyjne), a także kozy angorskiej.
Życie po Turcji Gdy w 1562 roku Busbecq wrócił z Turcji, objął stanowisko doradcy na dworze cesarza Ferdynanda w Wiedniu oraz opiekuna wnuków i synów przyszłego cesarza Maksymiliana II. Busbecq zakończył swoją karierę jako opiekun Elżbiety Habsburg, córki Maksymiliana i wdowy francuskiego króla Karola IX. Wciąż jednak służył monarchii Habsburgów, śledząc w imieniu Rudolfa II Habsburga rozwój francuskich wojen religijnych. W 1592 roku opuścił swoją rezydencję w Mantes niedaleko Paryża i udał się do swojej rodzinnej Flandrii Zachodniej, jednakże w okolicy Rouen został pobity i okradziony przez członków Ligi Katolickiej. Zmarł kilka dni później.