Po pięciu tygodniach został przeniesiony do obozu III, czyli do strefy zagłady, w której obrębie znajdowały się komory gazowe. Sprawował tam nadzór nad więźniami, którzy wyrywali ofiarom złote zęby i przenosili zwłoki do masowych grobów. Miał także uczestniczyć w rozstrzeliwaniu Żydów, którzy nie byli w stanie dojść o własnych siłach do komór gazowych. Ittner był przekonany, że za jego przeniesieniem do obozu III stał komendant Franz Stangl, z którym utrzymywał złe stosunki. W rzeczywistości decyzję tę podjął inspektor obozów zagłady akcji „Reinhardt”, Christian Wirth.
Pod koniec czerwca 1942 roku, a według innych źródeł w 1944 roku, został ponownie przeniesiony do berlińskiej centrali T4. W 1944 roku powołano go w szeregi Wehrmachtu. Podczas walk na froncie wschodnim dostał się do sowieckiej niewoli, z której został zwolniony w 1948 roku. Powrócił do rodzimego Kulmbach, gdzie pracował jako robotnik niewykwalifikowany.