W latach 1982–1984 był ministrem spraw zagranicznych, zaś od 1984 do 1985 ministrem przemysłu.

W 1988 doszło do skandalu korupcyjnego i wewnętrznych podziałów w koalicji popierającej rząd Paiasa Wingtiego, polityka Ludowego Ruchu Demokratycznego. Próbował on zawrzeć koalicję z Somare’em, który jednak zdecydował się przejść na polityczną emeryturę. Pod koniec czerwca Namaliu został nowym przewodniczącym Partii Pangu, stając się jednocześnie liderem opozycji, zaś 4 lipca objął urząd premiera Papui-Nowej Gwinei. Jego podstawowymi celami w czasie rządów było wprowadzenie poprawek do konstytucji, które zapewniłyby większą stabilność młodego państwa, oraz zapewnienie prawa i porządku. Obowiązki pełnił do 17 lipca 1992, kiedy nowym premierem został ponownie Wingti.

W latach 1994–1997 był przewodniczącym (speakerem) Parlamentu Narodowego. W 1996, jako były premier, uzyskał brytyjski tytuł szlachecki. W drugiej połowie lat 90. XX wieku związał się z nowym ugrupowaniem Somare’a Sojuszem Narodowym i jako polityk tego ugrupowania pełnił funkcje ministerialne. W latach 1998–1999 był ministrem ds.