Budowa nowej bazyliki thumb|left|Odbitka ksylograficzna bazyliki San Gaudenzio (1890) Po wyburzeniu w 1553 roku bazyliki San Gaudenzio, władze zdecydowały odbudować ją wewnątrz miasta, w jego najwyższym punkcie. Na wskazanym miejscu stał kościół San Vincenzo, który postanowiono rozebrać, aby zrobić miejsce dla nowego kościoła. Pozostawiono jedynie kaplicę San Giorgio, w której tymczasowo umieszczono relikwie św. Gaudentego. Życzeniem mieszkańców miasta było zbudowanie nowego, wystawnego i kosztownego kościoła. W tym celu założono w 1552 roku kościelne przedsiębiorstwo budowlane, Fabbrica Lapidea (istniejące do dziś), które miało nadzorować budowę. Wykonanie projektu powierzono architektowi i malarzowi Pellegrinowi Tibaldiemu, powiązanemu z Karolem Boromeuszem, dzięki któremu otrzymywał ważne zlecenia w rejonie Mediolanu. Kościół zbudowany został w latach 1577–1590, jako jednonawowy budynek na planie krzyża łacińskiego. W 1590 roku kościół uroczyście konsekrował biskup Speciano. Budynek był jednak nadal daleki od ukończenia, a prace budowlane z uwagi stale rosnące trudności gospodarcze uległy znacznemu spowolnieniu. Kościół został zasadniczo ukończony dopiero w 1659 roku;