W sierpniu 1939 zmobilizowany. W czasie kampanii wrześniowej 1939, po agresji ZSRR na Polskę, wzięty do niewoli radzieckiej. Według stanu na 18 listopada 1939 był jeńcem obozu w Kozielsku. Między 3 a 5 kwietnia 1940 przekazany do dyspozycji naczelnika smoleńskiego obwodu NKWD – lista wywózkowa bez numeru z 1 kwietnia 1940, poz. 74. Został zamordowany między 4 a 7 kwietnia 1940 w Katyniu przez funkcjonariuszy Obwodowego Zarządu NKWD w Smoleńsku oraz pracowników NKWD przybyłych z Moskwy na mocy decyzji Biura Politycznego KC WKP(b) z 5 marca 1940. Ofiary tej zbrodni grzebano w bezimiennych mogiłach zbiorowych, gdzie od 28 lipca 2000 mieści się oficjalnie Polski Cmentarz Wojenny w Katyniu. W miejscu tym prowadzone były ekshumacje i prace archeologiczne, jednak Zygmunt Kamocki nie został zidentyfikowany. Krewni do 1958 poszukiwali informacji przez Biuro Informacji i Badań Polskiego Czerwonego Krzyża w Warszawie. W Archiwum Robla (pakiet 02595-02) znajduje się kalendarzyk znaleziony przy szczątkach por. Michała Benescha, w którym wśród grupy oficerów pułku telegraficznego wymieniony jest Zygmunt Kamocki.