Jako profesor opłacany z cła krakowskiego podjął w ramach wykłady z logiki, a w 1775 z fizyki, później skupił się wyłącznie na zajęciach z matematyki. W latach 1774–1775 pełnił obowiązki prepozyta Kolegium Większego. W tym samym czasie otrzymał prałaturę kolegiaty św. Anny w Krakowie. Wraz z rektorem Andrzejem Lipiewiczem uczestniczył w pracach komisji uniwersyteckiej opracowującej nową, przystosowaną do programu KEN ordynację studiów. Prawdopodobnie pod koniec lat siedemdziesiątych podjął studia teologiczne i już jako licencjat został 28 września 1780 promowany na doktora teologii. Popierany przez wizytatora uczelni Hugona Kołłątaja został powołany na profesora teologii dogmatycznej w zreformowanej Szkole Głównej Koronnej. Był zwolennikiem reformy nauczania i nowej organizacji szkolnictwa. Dał tego dowód podczas prowadzonej w 1781 przez bp. krakowskiego Kajetana Sołtyka kampanii przeciw Kołłątajowi, jako jedyny wśród dawnych profesorów stanu duchownego nie poddał się szantażom biskupa i został do końca po stronie wizytatora. Był już kanonikiem katedralnym płockim w 1782, 31 maja 1785 został mianowany przez KEN prezesem Kolegium Moralnego. Na ręce Józefa Szabela złożył 3 października 1785 przysięgę nowo mianowany rektor Feliks Oraczewski, który w grudniu powołał go na asesora sądu rektorskiego.