piastował tę godność po 10-letniej przerwie w latach 1542-1543. Na tym stanowisku dał się poznać jako gorliwy obrońca i stróż statutów uniwersyteckich, ostro występował przeciwko zwyczajowi noszenia ubiorów świeckich. Wysoki autorytet i piastowane godności nie uchroniły go jednak przed brutalnymi represjami ze strony bpa krakowskiego Andrzeja Zebrzydowskiego za odmowę wydania spadku po zmarłym w 1554 profesorze teologii i sufraganie wileńskim Feliksie z Kazimierza. 11 czerwca 1554 wtrącony został na rozkaz Zebrzydowskiego do więzienia, gdzie usiłowano wymusić na nim wydanie zdeponowanej w jego mieszkaniu kwoty 11 000 zł polskich Wypuszczony na wolność dopiero po dwóch dniach (na interwencję kapituły krakowskiej, oparł się żądaniom biskupa, dążącego do zagarnięcia całego majątku, i doprowadził do rozdziału masy spadkowej Feliksa z Kazimierza między klasztor Dominikanów, Kolegium Większe i katedrę na Wawelu. Złożywszy w 1543 urząd rektorski, mniej udzielał się w życiu uniwersyteckim, chociaż do końca życia cieszył się opinią znakomitego medyka. Zapisał przed śmiercią 6 tomów ze swego księgozbioru na rzecz katedry medycyny oraz dwa puchary dla Kolegium Większego.