Największy sukces w historii Belén osiągnął w czerwcu 1996, zdobywając puchar Kostaryki – Copa Federación. Wygrał wówczas w finale z Cartaginés (1:0). Dzięki temu osiągnięciu rok później wziął udział w rozgrywkach Pucharu Zdobywców Pucharów CONCACAF. W pierwszej rundzie wyeliminował wówczas nikaraguański Diriangén (2:1, 3:2), zaś w drugiej rundzie przegrał z honduraską Olimpią (0:3) i odpadł z turnieju. Pierwsze dwa pobyty Belén w pierwszej lidze kostarykańskiej miały miejsce w latach 1993–1998 i 2004–2005.
W sezonie 2010/2011 klub wywalczył kolejny awans do kostarykańskiej Primera División, głównie dzięki wkładowi finansowemu przedsiębiorstwa Grupo Icono kierowanego przez biznesmena Minora Vargasa. Podczas tych rozgrywek nosił nazwę CD Belén Siglo XXI. W styczniu 2011 Vargas został zatrzymany w Stanach Zjednoczonych pod zarzutem oszustw finansowych (w maju 2012 został skazany przez sąd federalny w Richmond). Za trzecim razem klub występował w pierwszej lidze w latach 2011–2017;