EFI+PL nie może być używana do określania stanu ekologicznego niektórych typów rzek. Dotyczy to rzek należących do wymienionych poniżej typów abiotycznych (Dz. U. 2011, nr 258 poz. 1549):potok lub strumień na obszarze będącym pod wpływem procesów torfotwórczych (typ 23), mała i średnia rzeka na obszarze będącym pod wpływem procesów torfotwórczych (typ 24), ciek łączący jeziora (typ 25), a także starorzeczy (EFI+ Manual 2009).
Dla tych typów rzek wskazane jest stosowanie innej metody oceny stanu ekologicznego, opartej na wskaźniku integralności biotycznej –IBI.
Metryki wskaźnika EFI+PL Metryki wskaźnika EFI+ PL określone zostały na podstawie funkcjonalnych grup gatunków, odwzorowujących cechy główne biologiczne i ekologiczne zespołów ryb.
Problem przy interpretacji wyników oceny stanu wód stanowi grupa gatunków obcych dla polskiej ichtiofauny, która zawyża wynik oceny ze względu na ich przynależność do gildii uwzględnionych w metrykach wskaźnika EFI+. Aby uniemożliwić zawyżenie wyników badań wskaźnika EFI+ wprowadzono blokadę metryk dla gatunków wsiedlonych i inwazyjnych. Dotyczy ona 10 gatunków ryb: pstrąg tęczowy, pstrąg źródlany, palia alpejska, peluga, tołpyga biała, amur, sumik czarny, muławka bałkańska, babka bycza.