Zasięg występowania, ekologia i zachowanie BirdLife International szacuje łączny zasięg na 126 mln km². Fregaty średnie zamieszkują wyspy, głównie w obrębie Indo-Pacyfiku. Na Oceanie Atlantyckim występuje jedynie populacja z Trindade i Martim Vaz. Zasięg pokrywa się w większości z zasięgiem fregaty małej (Fregata ariel). Na Atlantyku obejmuje on pas o rozciągłości południkowej bliskiej 5600 km, od Hawajów po Pitcairn. Na hawajskiej wysepce Nihoa (Moku Manu) pierwszy lęg odnotowano w 1970; wcześniej donoszono jedynie o odpoczywających tam ptakach. Liczna populacja występuje na Wyspie Bożego Narodzenia, jednak najważniejsze kolonie znajdują się na wyspach Feniks oraz French Frigate Shoals. Na wschodnim Pacyfiku występują na Galapagos (wraz z fregatami wielkimi, F. magnificens; nie występują tam fregaty małe). 2–3 tys. gniazd stwierdzono na Tower Island. Odnotowano te ptaki także i na Malpelo, gdzie występują cały rok, jednak nie wiadomo, czy gniazdują. W Revillagigedo lęgi wyprowadzają na Wyspie Kokosowej oraz Isla San Benedicto. Na Marianach po raz pierwszy odnotowano te ptaki w 1995. Populacja jest niewielka, występują tylko dwie kolonie (2009). Spośród wysp Morza Koralowego fregaty średnie lęgną się na wyspach Wielkiej Rafy Koralowej.