W sierpniu 1939 r. zmobilizowany do Wojska Polskiego. W kampanii wrześniowej wzięty do niewoli radzieckiej. Według stanu na kwiecień 1940 był jeńcem obozu w Kozielsku. Między 7 a 9 kwietnia 1940 przekazany do dyspozycji naczelnika smoleńskiego obwodu NKWD – lista wywózkowa 017/1 z 05.04.1940. Został zamordowany między 9 a 11 kwietnia 1940 przez NKWD w lesie katyńskim. Zidentyfikowany podczas ekshumacji prowadzonej przez Niemców w 1943, zapis w dzienniku ekshumacji pod datą 25.04.1943. Przy szczątkach w mundurze znaleziono dwa listy, mapę, nieśmiertelnik, medalik z łańcuszkiem. Figuruje na liście AM-180-568 i liście Komisji Technicznej PCK pod numerem 0568. Nazwisko Kinalskiego znajduje się na liście ofiar (pod nr 0568) opublikowanej w Gońcu Krakowskim nr 103 i w Nowym Kurierze Warszawskim nr 108 z 1943. W „Gazecie Ilustrowanej” i w „Nowinach: gazecie ściennej dla polskiej wsi” (poz. 309) z 1943 wśród ofiar zbrodni wymieniono Stanisława Kinalskiego ze wzmianką – „stopnia nie ustalono, szczegółów brak”.